Die BA steht unter der Gesamtverantwortung des Bundesanwalts. Sie ist in die Abteilungen SK, WiKri, RTVC, FFA, das Generalsekretariat und das Büro des Bundesanwalts gegliedert.
Der Bundesanwalt leitet die Bundesanwaltschaft fachlich, personell und organisatorisch im Rahmen der gesetzlichen Vorgaben. Michael Lauber ist seit 2012 amtierender Bundesanwalt.
Die Geschäftsleitung setzt sich zusammen aus dem Bundesanwalt, den beiden stellvertretenden Bundesanwälten, dem Generalsekretär und dem Informationschef der BA.
Die Strategie 2020 - 2023 der Bundesanwaltschaft (BA) definiert die Schwerpunkte für das Handeln in der genannten Zeitperiode. Sie stellt den mittel- bis langfristig ausgerichtetetn Plan mit den Schwerpunkten und Prioriäten für eine zukunfsorienterierte Entwicklung dar.
Seit Inkrafttreten des Strafbehördenorganisationsgesetzes per 1. Januar 2011 ist die BA eine ausserhalb der Bundesverwaltung stehende, sich selbst verwaltenden Behörde.
