Die BA steht unter der Gesamtverantwortung des Bundesanwalts. Sie ist in die Abteilungen SK, WiKri, RTVC, FFA, das Generalsekretariat und das Büro des Bundesanwalts gegliedert.
Der Bundesanwalt leitet die Bundesanwaltschaft fachlich, personell und organisatorisch im Rahmen der gesetzlichen Vorgaben. Michael Lauber ist seit 2012 amtierender Bundesanwalt.
Die Geschäftsleitung setzt sich zusammen aus dem Bundesanwalt, den beiden stellvertretenden Bundesanwälten, dem Generalsekretär und dem Informationschef der BA.
Die Strategie 2016 - 2019 der BA definiert die Schwerpunkte für das Handeln in der genannten Zeitperiode – mit dem Ziel, vorhandene Ressourcen möglichst wirkungsvoll einzusetzen.
Seit Inkrafttreten des Strafbehördenorganisationsgesetzes per 1. Januar 2011 ist die BA eine ausserhalb der Bundesverwaltung stehende, sich selbst verwaltenden Behörde.
