Die BA steht unter der Gesamtverantwortung des Bundesanwalts. Sie ist in die Abteilungen SK, WiKri, RTVC, FFA, das Generalsekretariat und das Büro des Bundesanwalts gegliedert.
Die Geschäftsleitung ist das Konsultativorgan des Bundesanwalts. Sie trifft sich regelmässig zur Besprechung fachlicher, personeller und organisatorischer Fragen, zur Beratung bedeutender Geschäfte und zur Vorbereitung strategischer Entscheide.
Seit Inkrafttreten des Strafbehördenorganisationsgesetzes per 1. Januar 2011 ist die BA eine ausserhalb der Bundesverwaltung stehende, sich selbst verwaltende Behörde.
