Le MPC est placé sous la responsabilité générale du procureur général de la Confédération. Il est composé des divisions SK, WiKri, RTVC, FFA, du Secrétariat général et du Bureau du Procureur général.
Le procureur général de la Confédération dirige le MPC du point de vue de la matière, du personnel et de l'organisation dans le cadre des dispositions légales.
La Direction est l'organe consultatif du Procureur général de la Confédération. Elle se réunit régulièrement pour discuter de questions techniques, de questions relatives au personnel et de questions organisationnelles, pour se consulter sur des affaires importantes et pour la préparation de décisions stratégiques.
Avec le code de conduite, le MPC a défini les règles de comportement dans le domaine de l’éthique professionnelle. Ces règles s’appliquent à tous les collaborateurs du MPC.
Depuis l’entrée en vigueur de la loi fédérale sur l’organisation des autorités pénales au 1er janvier 2011, le MPC est une autorité située en-dehors de l’administration fédérale et qui s’administre elle-même.