Il Procuratore generale della Confederazione è responsabile del MPC. Il MPC è composto dalle divisioni SK, WiKri, RTVC, FFA, dalla Segreteria generale e dall Ufficio del Procuratore generale.
Il Procuratore generale della Confederazione dirige il Ministero pubblico della Confederazione dal punto di vista tecnico, organizzativo e del personale secondo le disposizioni di legge.
La Direzione è l'organo consultivo del Procuratore generale della Confederazione. La Direzione si riunisce a intervalli regolari per trattare questioni tecniche, organizzative e del personale, per consultarsi in merito ad affari rilevanti e per preparare decisioni strategiche.
Il MPC è competente per le indagini e l’accusa nei confronti degli autori dei reati che figurano agli articoli 23 e 24 CPP nonché in leggi federali speciali.
Con il Codice di comportamento, il MPC si dota di regole di comportamento nel contesto dell’etica professionale, applicabili a tutti i collaboratori del MPC.
Dall’entrata in vigore il 1° gennaio 2011 della revisione della Legge sull’organizzazione delle autorità penali, il MPC è un’autorità esterna all’Amministrazione federale che gode di autonomia amministrativa.