Il procuratore generale della Confederazione è eletto dall’Assemblea federale ed è responsabile del Ministero pubblico della Confederazione (MPC). Ha due sostituti procuratori generali, anch’essi eletti dall’Assemblea federale. Il MPC ha più sedi in Svizzera. La sede centrale è a Berna. Le altre sedi si trovano a Lugano, Losanna e Zurigo. Attualmente il MPC conta circa 220 collaboratori.
Il 1° febbraio 2016 è entrata in vigore l’organizzazione gerarchica delineata dalla strategia. Il numero delle divisioni è stato ridotto. D’ora in poi le divisioni sono organizzate in base alle categorie di reati o di competenza.
Le divisioni «Protezione dello Stato, Organizzazioni criminali (SK)», «Criminalità economica (WiKri)» e «Assistenza giudiziaria, Terrorismo, Diritto penale internazionalee e Cybercriminalità (RTVC)» conducono i procedimenti penali nei relativi ambiti di reato e adempiono ai compiti principali del MPC. La divisione WiKri è articolata localmente nelle sedi di Berna, Losanna, Lugano e Zurigo.
La divisione «Analisi finanziaria forense (FFA)» fornisce le sue prestazioni direttamente nei procedimenti penali mediante l’analisi di questioni economiche specifiche.
La «Segreteria generale (GS)» raggruppa le unità organizzative che forniscono sostegni specializzati, ossia «MPC Sviluppo», «Finanze», «Risorse umane», «Servizio giuridico», «Servizi ICT» e «Logistica». La GS comprende anche il Trattamento centrale delle ricezioni, che ha un impatto diretto sui procedimenti penali, e l’Esecuzione delle sentenze.
La comunicazione interna ed esterna è uno strumento direttivo e come tale è sottoposta direttamente al procuratore generale della Confederazione.