Le Ministère public de la Confédération (MPC) est placé sous la responsabilité générale du procureur général de la Confédération, lequel est élu par l’Assemblée fédérale. Ses deux suppléants sont également élus par l’Assemblée fédérale. Le MPC est réparti sur plusieurs sites en Suisse. Son siège principal se trouve à Berne et les autres sites sont à Zurich, Lausanne et Lugano. Le MPC emploie actuellement environ 220 collaborateurs.
La structure organisationnelle découlant de la stratégie est entrée en vigueur le 1er février 2016. Le nombre des divisions a été réduit. Ces dernières sont maintenant organisées selon les domaines de délits, respectivement selon les domaines de compétence:
Les divisions « Protection de l’Etat et organisations criminelles (SK) », « Criminalité économique (WiKri) » et « Entraide judiciaire, Terrorisme, Droit pénal international et Cybercriminalité (RTVC) » mènent les enquêtes dans les domaines de délits correspondants et exécutent les tâches de base du MPC. La division WiKri est articulée localement sur les sites de Berne, de Lausanne, de Lugano et de Zurich.
La division « Analyse financière forensique (FFA) » fournit ses prestations directement dans les enquêtes pénales par l’analyse de problèmes économiques spécifiques.
Le Secrétariat général regroupe les unités organisationnelles des prestations de soutien dans les domaines du développement du MPC, des Finances, des Ressources humaines (RH), du Service juridique ainsi que de l’ICT et des Services centraux. Le traitement centralisé du courrier entrant (ZEB) qui a également une importance directe pour les procédures pénales, de même que l’exécution des jugements sont subordonnés au Secrétariat général.
La communication interne et externe est un instrument de conduite directement subordonné au Procureur général de la Confédération.