Der Bundesanwalt leitet die Bundesanwaltschaft fachlich, personell und organisatorisch im Rahmen der gesetzlichen Vorgaben. Er kann einzelne Geschäfte den stellvertretenden Bundesanwälten, der Generalsekretärin, den Abteilungsleitenden oder den Staatsanwälten des Bundes zur selbständigen Erledigung übertragen. Der Bundesanwalt und seine beiden Stellvertreter werden von der Vereinigten Bundesversammlung gewählt.
Seit dem 1. Januar 2022 leitet Bundesanwalt Stefan Blättler die Bundesanwaltschaft. Am 14. Juni 2023 hat ihm das Parlament erneut das Vertrauen ausgesprochen, indem es ihn mit 209 von 210 gültigen Stimmen wiedergewählt hat. Auch die beiden stellvertretenden Bundesanwälte Ruedi Montanari und Jacques Rayroud wurden für die kommende Amtsperiode von 2024 bis 2027 wiedergewählt.
