Im Generalsekretariat sind einerseits alle zentralisierten Dienstleistungen zugunsten der Straf- und Rechtshilfeverfahren und andererseits die zur Selbstverwaltung notwendigen Funktionsbereiche der Bundesanwaltschaft zusammengefasst. Die Dienstleistungen sind konsequent auf die Anforderungen der Geschäftsleitung sowie auf die Entlastung der verfahrensführenden Abteilungen ausgerichtet.
Das Generalsekretariat ist in die fünf Bereiche «BA Stab», «BA Transformation und Projekte», «BA Betrieb», «BA Technologie» sowie «BA Operationen» gegliedert. Der Bereich BA Stab leistet die Führungsassistenz für den Bundesanwalt und die Geschäftsleitung, unterstützt die Zusammenarbeit mit der AB-BA und verantwortet die Personensicherheit und das Facility Management. Im Bereich «BA Transformation und Projekte» findet die Umsetzung der strategischen Weiterentwicklung und der Digitalisierung der Bundesanwaltschaft statt. Der Bereich «BA Betrieb» umfasst den Rechtsdienst, das HR und die Finanzen. BA Technologie ist für die Erbringung von zentralen Infrastruktur- und Technologiedienstleistungen zuhanden der gesamten Bundesanwaltschaft zuständig. Der Bereich «BA Operationen» verantwortet die Zentrale Eingangsverarbeitung, alle administrativen und digitalen Verfahrensservices und den Urteilsvollzug.