Toutes les prestations de services en faveur des procédures pénales et d’entraide judiciaire, d’une part, et les domaines de fonction nécessaires pour une gestion autonome du Ministère public de la Confédération, d’autre part, sont regroupées au sein du secrétariat général. Les services sont fournis sous forme conséquente par rapport aux exigences de la direction ainsi qu’à l’allègement de la charge des départements gérant les procédures.
Le secrétariat général est décomposé en cinq domaines, « État-major MPC », « Transformation et projets MP C», « Exploitation MCP », « Technologie MPC » et « Opérations MPC ». Le domaine État-major MPC fournit une assistance de direction au procureur général et à la direction, il soutient la collaboration avec l’AS-MPC et est responsable de la sécurité des personnes ainsi que du Facility Management. Le déploiement du développement stratégique en continu et la numérisation du Ministère public de la Confédération se déroulent au sein du domaine « Transformation et projets du MPC ». Le domaine « Exploitation MPC » comprend le service juridique, les RH et les finances. « Technologie MPC » est responsable de la fourniture de prestations de services centralisées en infrastructure et en technologie pour l’ensemble du Ministère public de la Confédération. Le domaine « Opérations MPC » est chargé du traitement centralisé du courrier entrant, de tous les services administratifs et numériques des procédures et de l’exécution des jugements.