Il Ministero pubblico della Confederazione (MPC) ha varie sedi in tutta la Svizzera. La sede centrale si trova a Berna e le sedi distaccate sono ubicate a Losanna, Lugano e Zurigo. Il Ministero pubblico della Confederazione occupa circa 195 collaboratori.

Per svolgere le indagini, il MPC si avvale in particolare della Polizia giudiziaria federale (PGF) presso l'Ufficio federale di polizia (fedpol) e in parte degli organi di polizia cantonale.

Il Ministero pubblico della Confederazione promuove l'accusa nelle cause penali soggette alla giurisdizione federale dinanzi al Tribunale federale penale di Bellinzona, quale giurisdizione immediatamente inferiore al Tribunale federale di Losanna.

Un'autorità di vigilanza eletta dall'Assemblea federale plenaria esercita la vigilanza sul Ministero pubblico della Confederazione.