Perseguimento penale della Confederazione
Il compito centrale del MPC consiste nelle indagini e nell'accusa. Il MPC persegue i reati che sottostanno alla giurisdizione federale.

La competenza deve essergli attribuita espressamente dalla legge. I reati che sottostanno alla giurisdizione federale figurano quindi espressamente nel Codice di diritto processuale penale svizzero (art. 23 e 24 CPP) e in varie leggi federali.

Tutti gli altri reati, ossia la stragrande maggioranza, sottostanno alla giurisdizione cantonale. Il MPC non è l'autorità superiore delle 26 procure cantonali. Non esercita attività di sorveglianza e non ha facoltà di impartire istruzioni alle procure cantonali.

Esecuzione dell'assistenza giudiziaria
Altri compiti del MPC sono l'esecuzione dell'assistenza giudiziaria chiesta da autorità di perseguimento penale straniere e la promozione della collaborazione internazionale e intercantonale nella lotta contro la criminalità.

Il MPC fornisce anche assistenza giudiziaria ad altri Stati. In caso di domanda di assistenza giudiziaria di autorità estere, in loro vece il MPC raccoglie in Svizzera il materiale probatorio necessario per i loro procedimenti penali. L'assistenza giudiziaria comprende tra l'altro l'interrogatorio di persone, il sequestro conservativo, la consegna di materiale probatorio, documenti, oggetti e valori patrimoniali, la perquisizione domiciliare e il sequestro.

Compiti amministrativi
Il MPC svolge compiti amministrativi nell'ambito del diritto penale e della procedura penale.