Poursuite pénale de la Confédération
Le Ministère public de la Confédération est principalement l'autorité d'investigation et d'accusation de la Confédération. Il est compétent pour la poursuite d'infractions soumises à la juridiction de la Confédération.

Cette compétence doit être expressément attribuée au Ministère public de la Confédération par la loi. Les délits pour lesquels la juridiction fédérale est prévue sont formellement énumérés dans le Code de procédure pénale suisse (art. 23 et 24 CCP) ainsi que dans différentes autres lois fédérales.

Tous les autres délits - qui constituent largement la part la plus importante du point de vue quantitatif - sont de la compétence des cantons. Le Ministère public de la Confédération n'est pas l'autorité faîtière des 26 ministères publics cantonaux. Il n‘exerce dès lors pas de haute surveillance et ne dispose d'aucun droit de donner des instructions aux ministères publics cantonaux.

Exécution de requêtes d'entraide judiciaire
Parmi les autres tâches du Ministère public de la Confédération, il faut compter l'exécution de requêtes d'entraide judiciaire  présentées par les autorités de poursuite pénale étrangères et le renforcement de la coopération internationale et intercantonale dans la lutte contre la criminalité.

Le Ministère public de la Confédération exécute également les requêtes d'entraide judiciaire émanant d'autres Etats. En se fondant sur ces demandes, le Ministère public de la Confédération agit pour ces autorités partenaires étrangères et réunit en Suisse des moyens de preuves qui sont nécessaires pour des instructions pénales engagées à l'étranger. L'entraide judiciaire comprend notamment l'audition de personnes, la mise en sécurité et la remise de moyens de preuve ou de pièces écrites ainsi que d'objets et de valeurs patrimoniales, la perquisition et la séquestration.

Tâches administratives
Le Ministère public de la Confédération exerce des tâches administratives dans le domaine du droit pénal et de la procédure pénale.